LRRK2

LRRK2
Наявні структури
PDBПошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB

2ZEJ, 3D6T

Ідентифікатори
Символи LRRK2, AURA17, DARDARIN, PARK8, RIPK7, ROCO2, leucine-rich repeat kinase 2, leucine rich repeat kinase 2
Зовнішні ІД OMIM: 609007 MGI: 1913975 HomoloGene: 18982 GeneCards: LRRK2
шифр КФ 2.7.11.1
Пов'язані генетичні захворювання
хвороба Паркінсона, autosomal dominant Parkinson disease 8, хвороба Паркінсона, young-onset Parkinson disease, hereditary late onset Parkinson disease[1]
Онтологія гена
Молекулярна функція

• protein homodimerization activity
• signaling receptor complex adaptor activity
• clathrin binding
• co-receptor binding
• transferase activity
• GO:0005097, GO:0005099, GO:0005100 GTPase activator activity
• protein kinase activity
• protein kinase A binding
• peroxidase inhibitor activity
• SNARE binding
• nucleotide binding
• identical protein binding
• GO:0006184 GTPase activity
• syntaxin-1 binding
• protein serine/threonine kinase activity
• tubulin binding
• transmembrane transporter binding
• microtubule binding
• MAP kinase kinase activity
• GTP binding
• ATP binding
• GTP-dependent protein kinase activity
• beta-catenin destruction complex binding
• GO:0001948, GO:0016582 protein binding
• kinase activity
• actin binding
• magnesium ion binding

Клітинна компонента

• GO:0016023 cytoplasmic vesicle
• ендосома
• екзосома
• Wnt signalosome
• neuronal cell body
• trans-Golgi network
• мітохондріальна мембрана
• синапс
• цитоплазма
• мітохондріальна зовнішня мембрана
• synaptic vesicle membrane
• перикаріон
• ендоплазматичний ретикулум
• клітинна мембрана
• Мікроворсинки
• мітохондріальний матрикс
• dendrite cytoplasm
• growth cone
• cell projection
• дендрит (нейробіологія)
• лізосома
• neuron projection
• Golgi-associated vesicle
• мітохондрія
• мітохондріальна внутрішня мембрана
• autolysosome
• terminal bouton
• внутрішньоклітинний
• мембрана
• membrane raft
• аксон
• amphisome
• multivesicular body, internal vesicle
• Синаптичні бульбашки
• inclusion body
• міжклітинні контакти
• cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane
• гіалоплазма
• комплекс Ґольджі
• postsynapse
• міжклітинний простір
• клітинне ядро
• внутрішньоклітинна мембранна органела
• caveola neck
• endoplasmic reticulum exit site
• glutamatergic synapse
• presynaptic cytosol
• Рибонуклеопротеїни

Біологічний процес

• lysosome organization
• GO:0001306 response to oxidative stress
• cellular response to dopamine
• regulation of autophagy
• positive regulation of autophagy
• positive regulation of dopamine receptor signaling pathway
• regulation of neuroblast proliferation
• intracellular distribution of mitochondria
• negative regulation of protein processing
• negative regulation of protein processing involved in protein targeting to mitochondrion
• protein localization to mitochondrion
• positive regulation of canonical Wnt signaling pathway
• автофагія
• neuromuscular junction development
• фосфорилювання
• positive regulation of protein binding
• regulation of branching morphogenesis of a nerve
• mitochondrion localization
• positive regulation of protein autoubiquitination
• regulation of synaptic vesicle transport
• positive regulation of protein phosphorylation
• regulation of kidney size
• regulation of synaptic vesicle exocytosis
• positive regulation of MAP kinase activity
• peptidyl-threonine phosphorylation
• MAPK cascade
• Wnt signalosome assembly
• protein phosphorylation
• regulation of synaptic transmission, glutamatergic
• excitatory postsynaptic potential
• negative regulation of hydrogen peroxide-induced cell death
• regulation of dopamine receptor signaling pathway
• regulation of membrane potential
• protein autophosphorylation
• regulation of mitochondrial fission
• regulation of neuron maturation
• reactive oxygen species metabolic process
• positive regulation of programmed cell death
• regulation of neuron death
• regulation of mitochondrial depolarization
• cellular response to oxidative stress
• negative regulation of late endosome to lysosome transport
• GO:0007243 intracellular signal transduction
• regulation of lysosomal lumen pH
• GO:0034259 negative regulation of GTPase activity
• locomotory exploration behavior
• Golgi organization
• canonical Wnt signaling pathway
• neuron projection morphogenesis
• positive regulation of protein ubiquitination
• regulation of canonical Wnt signaling pathway
• exploration behavior
• GO:1904579 cellular response to organic cyclic compound
• tangential migration from the subventricular zone to the olfactory bulb
• regulation of protein kinase A signaling
• calcium-mediated signaling
• negative regulation of thioredoxin peroxidase activity by peptidyl-threonine phosphorylation
• negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway
• positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process
• negative regulation of neuron death
• negative regulation of protein targeting to mitochondrion
• GO:0035404 peptidyl-serine phosphorylation
• determination of adult lifespan
• negative regulation of excitatory postsynaptic potential
• GO:0033128 negative regulation of protein phosphorylation
• neuron death
• GTP metabolic process
• negative regulation of autophagosome assembly
• olfactory bulb development
• cellular response to starvation
• regulation of dendritic spine morphogenesis
• диференціація клітин
• ендоцитоз
• negative regulation of protein binding
• mitochondrion organization
• cellular response to manganese ion
• negative regulation of macroautophagy
• regulation of locomotion
• GO:0032320, GO:0032321, GO:0032855, GO:0043089, GO:0032854 positive regulation of GTPase activity
• regulation of retrograde transport, endosome to Golgi
• regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade
• positive regulation of histone deacetylase activity
• endoplasmic reticulum organization
• Сперматогенез
• регуляція експресії генів
• negative regulation of neuron projection development
• striatum development
• regulation of protein stability
• positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process
• regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport
• protein localization to endoplasmic reticulum exit site
• neuron projection arborization
• regulation of synaptic vesicle endocytosis
• positive regulation of synaptic vesicle endocytosis
• positive regulation of microglial cell activation
• protein import into nucleus

Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії


Більше даних
Ортологи
Види Людина Миша
Entrez
120892
66725
Ensembl
ENSG00000188906
ENSMUSG00000036273
UniProt
Q5S007
Q5S006
RefSeq (мРНК)
NM_198578
NM_025730
RefSeq (білок)
NP_940980
NP_080006
Локус (UCSC) Хр. 12: 40.2 – 40.37 Mb Хр. 15: 91.56 – 91.7 Mb
PubMed search [2] [3]
Вікідані
Див./Ред. для людейДив./Ред. для мишей

LRRK2 (англ. Leucine rich repeat kinase 2) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми.[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 2 527 амінокислот, а молекулярна маса — 286 103[5].

Послідовність амінокислот
1020304050
MASGSCQGCEEDEETLKKLIVRLNNVQEGKQIETLVQILEDLLVFTYSER
ASKLFQGKNIHVPLLIVLDSYMRVASVQQVGWSLLCKLIEVCPGTMQSLM
GPQDVGNDWEVLGVHQLILKMLTVHNASVNLSVIGLKTLDLLLTSGKITL
LILDEESDIFMLIFDAMHSFPANDEVQKLGCKALHVLFERVSEEQLTEFV
ENKDYMILLSALTNFKDEEEIVLHVLHCLHSLAIPCNNVEVLMSGNVRCY
NIVVEAMKAFPMSERIQEVSCCLLHRLTLGNFFNILVLNEVHEFVVKAVQ
QYPENAALQISALSCLALLTETIFLNQDLEEKNENQENDDEGEEDKLFWL
EACYKALTWHRKNKHVQEAACWALNNLLMYQNSLHEKIGDEDGHFPAHRE
VMLSMLMHSSSKEVFQASANALSTLLEQNVNFRKILLSKGIHLNVLELMQ
KHIHSPEVAESGCKMLNHLFEGSNTSLDIMAAVVPKILTVMKRHETSLPV
QLEALRAILHFIVPGMPEESREDTEFHHKLNMVKKQCFKNDIHKLVLAAL
NRFIGNPGIQKCGLKVISSIVHFPDALEMLSLEGAMDSVLHTLQMYPDDQ
EIQCLGLSLIGYLITKKNVFIGTGHLLAKILVSSLYRFKDVAEIQTKGFQ
TILAILKLSASFSKLLVHHSFDLVIFHQMSSNIMEQKDQQFLNLCCKCFA
KVAMDDYLKNVMLERACDQNNSIMVECLLLLGADANQAKEGSSLICQVCE
KESSPKLVELLLNSGSREQDVRKALTISIGKGDSQIISLLLRRLALDVAN
NSICLGGFCIGKVEPSWLGPLFPDKTSNLRKQTNIASTLARMVIRYQMKS
AVEEGTASGSDGNFSEDVLSKFDEWTFIPDSSMDSVFAQSDDLDSEGSEG
SFLVKKKSNSISVGEFYRDAVLQRCSPNLQRHSNSLGPIFDHEDLLKRKR
KILSSDDSLRSSKLQSHMRHSDSISSLASEREYITSLDLSANELRDIDAL
SQKCCISVHLEHLEKLELHQNALTSFPQQLCETLKSLTHLDLHSNKFTSF
PSYLLKMSCIANLDVSRNDIGPSVVLDPTVKCPTLKQFNLSYNQLSFVPE
NLTDVVEKLEQLILEGNKISGICSPLRLKELKILNLSKNHISSLSENFLE
ACPKVESFSARMNFLAAMPFLPPSMTILKLSQNKFSCIPEAILNLPHLRS
LDMSSNDIQYLPGPAHWKSLNLRELLFSHNQISILDLSEKAYLWSRVEKL
HLSHNKLKEIPPEIGCLENLTSLDVSYNLELRSFPNEMGKLSKIWDLPLD
ELHLNFDFKHIGCKAKDIIRFLQQRLKKAVPYNRMKLMIVGNTGSGKTTL
LQQLMKTKKSDLGMQSATVGIDVKDWPIQIRDKRKRDLVLNVWDFAGREE
FYSTHPHFMTQRALYLAVYDLSKGQAEVDAMKPWLFNIKARASSSPVILV
GTHLDVSDEKQRKACMSKITKELLNKRGFPAIRDYHFVNATEESDALAKL
RKTIINESLNFKIRDQLVVGQLIPDCYVELEKIILSERKNVPIEFPVIDR
KRLLQLVRENQLQLDENELPHAVHFLNESGVLLHFQDPALQLSDLYFVEP
KWLCKIMAQILTVKVEGCPKHPKGIISRRDVEKFLSKKRKFPKNYMSQYF
KLLEKFQIALPIGEEYLLVPSSLSDHRPVIELPHCENSEIIIRLYEMPYF
PMGFWSRLINRLLEISPYMLSGRERALRPNRMYWRQGIYLNWSPEAYCLV
GSEVLDNHPESFLKITVPSCRKGCILLGQVVDHIDSLMEEWFPGLLEIDI
CGEGETLLKKWALYSFNDGEEHQKILLDDLMKKAEEGDLLVNPDQPRLTI
PISQIAPDLILADLPRNIMLNNDELEFEQAPEFLLGDGSFGSVYRAAYEG
EEVAVKIFNKHTSLRLLRQELVVLCHLHHPSLISLLAAGIRPRMLVMELA
SKGSLDRLLQQDKASLTRTLQHRIALHVADGLRYLHSAMIIYRDLKPHNV
LLFTLYPNAAIIAKIADYGIAQYCCRMGIKTSEGTPGFRAPEVARGNVIY
NQQADVYSFGLLLYDILTTGGRIVEGLKFPNEFDELEIQGKLPDPVKEYG
CAPWPMVEKLIKQCLKENPQERPTSAQVFDILNSAELVCLTRRILLPKNV
IVECMVATHHNSRNASIWLGCGHTDRGQLSFLDLNTEGYTSEEVADSRIL
CLALVHLPVEKESWIVSGTQSGTLLVINTEDGKKRHTLEKMTDSVTCLYC
NSFSKQSKQKNFLLVGTADGKLAIFEDKTVKLKGAAPLKILNIGNVSTPL
MCLSESTNSTERNVMWGGCGTKIFSFSNDFTIQKLIETRTSQLFSYAAFS
DSNIITVVVDTALYIAKQNSPVVEVWDKKTEKLCGLIDCVHFLREVMVKE
NKESKHKMSYSGRVKTLCLQKNTALWIGTGGGHILLLDLSTRRLIRVIYN
FCNSVRVMMTAQLGSLKNVMLVLGYNRKNTEGTQKQKEIQSCLTVWDINL
PHEVQNLEKHIEVRKELAEKMRRTSVE

Кодований геном білок за функціями належить до трансфераз, кіназ, серин/треонінових протеїнкіназ, активаторів гтфаз, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як автофагія, диференціація клітин. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, ГТФ. Локалізований у цитоплазмі, мембрані, мітохондрії, внутрішній мембрані мітохондрії, клітинних контактах, ендоплазматичному ретикулумі, клітинних відростках, цитоплазматичних везикулах, лізосомі, зовнішній мембрані мітохондрій, апараті гольджі, синапсах, ендосомах.

Література

  • Zach S., Felk S., Gillardon F. (2010). Signal transduction protein array analysis links LRRK2 to Ste20 kinases and PKC zeta that modulate neuronal plasticity. PLoS ONE. 5: E13191—E13191. PMID 20949042 DOI:10.1371/journal.pone.0013191
  • Wang Y., Jiang F., Zhuo Z., Wu X.H., Wu Y.D. (2013). A method for WD40 repeat detection and secondary structure prediction. PLoS ONE. 8: E65705—E65705. PMID 23776530 DOI:10.1371/journal.pone.0065705
  • Toft M., Mata I.F., Kachergus J.M., Ross O.A., Farrer M.J. (2005). LRRK2 mutations and Parkinsonism. Lancet. 365: 1229—1230. PMID 15811454 DOI:10.1016/S0140-6736(05)74809-1
  • Kay D.M., Kramer P., Higgins D.S., Zabetian C.P., Payami H. (2005). Escaping Parkinson's disease: a neurologically healthy octogenarian with the LRRK2 G2019S mutation. Mov. Disord. 20: 1077—1078. PMID 16001413 DOI:10.1002/mds.20618
  • Paisan-Ruiz C., Nath P., Washecka N., Gibbs J.R., Singleton A.B. (2008). Comprehensive analysis of LRRK2 in publicly available Parkinson's disease cases and neurologically normal controls. Hum. Mutat. 29: 485—490. PMID 18213618 DOI:10.1002/humu.20668
  • Bardien S., Lesage S., Brice A., Carr J. (2011). Genetic characteristics of leucine-rich repeat kinase 2 (LRRK2) associated Parkinson's disease. Parkinsonism Relat. Disord. 17: 501—508. PMID 21641266 DOI:10.1016/j.parkreldis.2010.11.008

Примітки

  1. ↑ Захворювання, генетично пов'язані з LRRK2 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
  2. ↑ Human PubMed Reference:.
  3. ↑ Mouse PubMed Reference:.
  4. ↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:18618 (англ.) . Архів оригіналу за 27 березня 2016. Процитовано 11 вересня 2017.
  5. ↑ UniProt, Q5S007 (англ.) . Архів оригіналу за 28 серпня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.

Див. також

  • Хромосома 12
Молекула міоглобіну Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

П:  Портал «Біологія» П:  Портал «Хімія»