Chissey-lès-Mâcon liegt etwa 25 Kilometer nordnordwestlich von Mâcon und etwa 33 Kilometer südsüdwestlich von Chalon-sur-Saône. Das Gemeindegebiet wird vom Fluss Grison durchquert. Nachbargemeinden von Chissey-lès-Mâcon sind Chapaize im Norden, Martailly-lès-Brancion im Nordosten, Cruzille im Osten, Bissy-la-Mâconnaise im Südosten, Blanot im Süden, Bray im Südwesten sowie Cormatin im Westen.